Update kasus baru dan kematian COVID-19 di Indonesia dari Our World in Data

Saya sangat jarang nulis di blog tentang COVID-19. Terakhir ngepost tentang stats covid kayaknya waktu bahas soal kematian. Hari ini mau coba lihat lagi statistik COVID-19 di Indonesia, terutama belakangan ini karena lagi ramai lagi soal undertesting.

Tentu saja andalan saya adalah Our World in Data ¹ yang datanya bisa diakses siapa saja dengan mudah.

Kita tarik dulu datanya dari internet dan menampilkan 10 baris teratas.

url='https://covid.ourworldindata.org/data/owid-covid-data.csv' # simpan url
df=pd.read_csv(url, parse_dates=['date']) # download dari url. parse_dates untuk menjadikan kolom date jadi tipe waktu
df.head(6) # menampilkan 10 baris paling atas

Berhubung saya jarang banget ngeliatin data COVID-19, saya ga hapal apa aja variabel yang dikumpulkan oleh Ritchie dkk. Panggil dulu semua kolomnya dengan df.columns.

df.columns # untuk panggil list dari nama-nama variabel

Index(['iso_code', 'continent', 'location', 'date', 'total_cases', 'new_cases',
       'new_cases_smoothed', 'total_deaths', 'new_deaths',
       'new_deaths_smoothed', 'total_cases_per_million',
       'new_cases_per_million', 'new_cases_smoothed_per_million',
       'total_deaths_per_million', 'new_deaths_per_million',
       'new_deaths_smoothed_per_million', 'reproduction_rate', 'icu_patients',
       'icu_patients_per_million', 'hosp_patients',
       'hosp_patients_per_million', 'weekly_icu_admissions',
       'weekly_icu_admissions_per_million', 'weekly_hosp_admissions',
       'weekly_hosp_admissions_per_million', 'new_tests', 'total_tests',
       'total_tests_per_thousand', 'new_tests_per_thousand',
       'new_tests_smoothed', 'new_tests_smoothed_per_thousand',
       'positive_rate', 'tests_per_case', 'tests_units', 'total_vaccinations',
       'people_vaccinated', 'people_fully_vaccinated', 'new_vaccinations',
       'new_vaccinations_smoothed', 'total_vaccinations_per_hundred',
       'people_vaccinated_per_hundred', 'people_fully_vaccinated_per_hundred',
       'new_vaccinations_smoothed_per_million', 'stringency_index',
       'population', 'population_density', 'median_age', 'aged_65_older',
       'aged_70_older', 'gdp_per_capita', 'extreme_poverty',
       'cardiovasc_death_rate', 'diabetes_prevalence', 'female_smokers',
       'male_smokers', 'handwashing_facilities', 'hospital_beds_per_thousand',
       'life_expectancy', 'human_development_index', 'excess_mortality'],
      dtype='object')
Salin

Wah gilaaa banyak banget ya nama variabelnya. Cape banget pasti ngumpulin ini semua. Hebat emang Hannah Ritchie dkk. Oke deh sekarang coba kita ngelihat jumlah kasus baru. ada setidaknya tiga nama variabel yang bisa diambil, yaitu new_cases dan new_cases_smoothed. Kalau dari namanya sih ketaker ya kalo yang smoothed itu kayaknya moving average, alias diambil alusnya dari data new_cases yang bisa jadi sangat volatil. Sering terjadi di data harian gini karena, misalnya, setiap hari senin selalu membludak, sementara sabtu minggu selalu sepi. Apa malah kebalik, sabtu minggu malah rame karena orang libur jadi bisa datang ke tempat testing. Yg jelas ada pattern mingguan yang bikin data harian jadi volatil. Nah kita ambil dua-duanya yok!

Kalau kamu cuma tertarik ambil data Indonesia, maka jangan lupa diambil yang Indonesia aja.

indo=df[["iso_code","date","new_cases","new_cases_smoothed"]].query('iso_code == "IDN"')

Saatnya diplot!

sns.lineplot(data=indo,x='date',y='new_cases')
sns.lineplot(data=indo,x='date',y='new_cases_smoothed')
plt.xticks(rotation=45)

(array([18322., 18383., 18444., 18506., 18567., 18628., 18687., 18748.,
        18809.]),
 [Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, ''),
  Text(0, 0, '')])
Salin

kayaknya new_cases_smoothed ini adalah 7-day rollong average. Seperti yang saya tulis sebelumnya, data harian biasanya punya tren mingguan. Makanya dibuat rolling average dalam 7 hari adalah hal yang umum dilakukan. Yok kita cek! Saya pake rolling averagenya panda yang saya contek di sini dengan tambahan shift(-3) untuk mundurin NaN 3 hari ke depan dan 3 hari ke belakang.

indo['cases_7day_ave'] = indo.new_cases.rolling(7).mean().shift(-3)
indo.head(10)

Seperti bisa dilihat di atas, sepertinya bener new_cases_smoothed adalah 7-day average soalnya ada 6 NaN berturut-turut. Kayaknya bedanya adalah sama si Ritchie dkk nggak di-shift. ya gpp kita tes plot aja yuk.

sns.lineplot(data=indo,x='date',y='new_cases')
sns.lineplot(data=indo,x='date',y='new_cases_smoothed')
sns.lineplot(data=indo,x='date',y='cases_7day_ave')
plt.xticks(rotation=45)
plt.legend(['new cases','new cases smoothed','7-day average bikinan sendiri'])
plt.ylabel('kasus')
plt.xlabel('tanggal')

Text(0.5, 0, 'tanggal')
Salin

berhubung satu setengah tahun adalah waktu yang panjang (gila lama juga ya covid ga beres-beres), maka kita potong aja deh tahun 2020. Kalo dilihat di atas sih sepertinya first wave yang sebenarnya malah baru keliatna di awal-awal 2021 ya. Oh iya jangan lupa Indonesia juga undertesting kalau dilihat positive rate. Anyway, ayo kita pangkas lagi data kita di indo dengan membuah tahun 2020. Oh iya satu lagi, kita pakai aja new_cases_smoothed yang dari aslinya ga usah kita buat rolling average sendiri.

indo2=indo.query('date>20210101') # ambil hanya setelah 1 Januari 2021
# lalu kita plot persis seperti di atas
sns.lineplot(data=indo2,x='date',y='new_cases')
sns.lineplot(data=indo2,x='date',y='new_cases_smoothed')
plt.xticks(rotation=45)
plt.legend(['new cases','new cases smoothed','7-day average bikinan sendiri'])
plt.ylabel('kasus')
plt.xlabel('tanggal')

Text(0.5, 0, 'tanggal')
Salin

Hmm keliatannya sih emang new cases nya cenderung turun lagi ya. Turunnya dalem juga, bahkan setelah di-smooth. Coba sekarang kita bandingkan dengan testing. Jumlah tes baru juga dicatat oleh Our World in Data. mantap banget.

Sekarang kita ulangi ambil datanya, kali ini ambil lebih banyak variabel dari data asli Our World in Data. Sama kita plot tahun 2021 aja.

indo=df[["iso_code","date","new_tests","new_tests_smoothed",
        "new_cases","new_cases_smoothed","positive_rate"]].query('iso_code == "IDN"')
indo2=indo.query('date>20210101')

fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(18, 10))
fig.suptitle('Data tes baru dan positive rate Indonesia')
sns.lineplot(ax=axes[0],data=indo2,x='date',y='new_tests')
sns.lineplot(ax=axes[0],data=indo2,x='date',y='new_tests_smoothed')
axes[0].tick_params(labelrotation=45)
axes[0].legend(['new tests','new tests smoothed'])
axes[0].set_ylabel('tes baru')
axes[0].set_xlabel('tanggal')
axes[0].set_title('new cases')
sns.lineplot(ax=axes[1],data=indo2,x='date',y='positive_rate')
plt.xticks(rotation=45)
plt.ylabel('0-1')
plt.xlabel('tanggal')
axes[1].set_title('positive rate')

Text(0.5, 1.0, 'positive rate')
Salin

Memang benar tes-nya berkurang. Tapi di saat yang sama, positive rate juga berkurang di akhir-akhir. Kalau misalnya tes-nya dikurangi tapi kasus di lapangan tetap tinggi, mestinya sih positive rate naik ya. Kecuali ya tes-nya disasar ke orang-orang yang cenderung keliatan ga bergejala.

Sebenernya ini bisa ketawan kalo ternyata yang masuk rumah sakit banyak atau tingkat kematian masih tinggi. Sayangnya data Indonesia untuk hospital dan ICU admissions nggak ada.

df.query('iso_code=="IDN"')[['weekly_icu_admissions','weekly_hosp_admissions']]

Sementara itu, jika dilihat plot kematian (Dear God, bless all the lost souls and those who they left), sepertinya belum ada tanda-tanda berkurang.

indo=df[["iso_code","date","new_deaths","new_deaths_smoothed"]].query('iso_code == "IDN"')
indo2=indo.query('date>20210101')
sns.lineplot(data=indo2,x='date',y='new_deaths')
sns.lineplot(data=indo2,x='date',y='new_deaths_smoothed')
plt.xticks(rotation=45)
plt.legend(['kematian baru','kematian baru rerata bergerak 7 hari'])
plt.ylabel('kasus')
plt.xlabel('tanggal')

Text(0.5, 0, 'tanggal')
Salin

Jika dilihat dari tingkat kematian, sepertinya pandemi masih belum selesai, sayangnya. Perlu dicatat bahwa mungkin tingkat kematian akan turun seiring dengan turunnya kasus, karena bisa jadi tingkat kematian agak mundur dibandingkan tingkat ketahuan positif. Namun demikian, jika tes-nya bermasalah, ada kemungkinan pencatatan kematian juga bermasalah. Sepertinya sih memang kita tidak bisa bereaksi berlebihan, baik ketika kasus naik maupun kasus turun, selama integritas datanya masih dapat dipertanyakan.

Berarti apakah kita bisa bergantung pada vaksinasi? Kalau dilihat dari grafik di atas, kasus baru harian dan positive rate meningkat sejak bulan Juni. Apakah bulan Juni adalah bulan-bulan di mana mulai masuk varian delta? Ada keramaian apa bulan itu? Mobilitas tinggi apa yang dibiarkan di bulan sekitar itu? Mungkin Pemerintah bertaruh membiarkan mobilitas karena program vaksinasi sudah dimulai ya? Kalau begitu, saya akan akhiri postingan kali ini dengan data vaksinasi, dengan komparasi negara-negara lain.